1999赛季世界一级方程式锦标赛是国际汽联一级方程式赛车的第53个赛季，赛季从03月07日开始至10月31日结束，总共举行了16场分站赛。

　 　 米卡·哈基宁生涯第二次夺得车手冠军，但是这个赛季中，艾迪·埃尔文、大卫·库尔特哈德以及海恩兹-哈拉德·弗伦层都在赛季的不同阶段有机会赢得冠军。法拉利车队赢得了他们第九座年度制造商总冠军奖杯，也是他们自1983赛季之后再次夺冠，这也标志着从2000赛季开始，迈克尔·舒马赫和法拉利车队统治时期的开始。但是舒马赫在这个赛季也并不是一帆风顺，他在英国大奖赛中发生事故撞断了腿，在赛季还差两场比赛的时候回归赛场，以协助埃尔文争夺冠军。

　 　 赛季末端争夺车手冠军是在充满争议的情况下进行的，在首届马来西亚大奖赛中，法拉利车队取得了第一和第二名的成绩，但是却由于违反技术规则而被取消成绩，但是车队通过上诉恢复了成绩，确保了埃尔文在收官战日本大奖赛之前积分继续领跑。在日本大奖赛中，如果舒马赫夺冠，那么埃尔文只要名次高于第四名就能夺得车手冠军。舒马赫夺得杆位，但是在发车时候却没能阻挡住哈基宁，虽然舒马赫紧追不舍并没有落后太多，但是还是无法超过领跑的哈基宁。就算当时法拉利车队让两名车手互换位置，哈基宁仍然会以夺冠场次更多的优势取得年度冠军。最终埃尔文第三名完赛，没能取得年度总冠军。

　 　 这个赛季乔丹和斯图尔特车队取得了成功，海恩兹-哈拉德·弗伦岑在乔丹车队取得第三名，约翰尼·赫伯特也在纽博格林帮助斯图尔特车队取得冠军。但是老牌车队威廉姆斯车队却再次无法取胜，尽管他们的年轻车手拉尔夫·舒马赫有多次登上领奖台的成绩，但是两届冠军赛车赛事的冠军车手亚历桑德罗·扎内尔蒂却一分未得。前冠军车手雅克斯·维伦纽夫加入英美车队，但是整个赛季也没有取得分数，在16场比赛中有12次退赛的经历。前世界冠军达蒙·希尔与乔丹车队一起度过了一个艰难的赛季，在16场比赛中有12场比赛没有取得分数，赛季结束之后由于精神疲劳，希尔宣布退役。